宅基地加盖三层是否违章需结合当地规定和审批情况判断，并非一概而论。以下分情况详细说明：
1. 若已取得当地乡（镇）政府或城乡规划部门批准的三层建筑许可：此时加盖三层符合法定程序，不属于违章建筑，可依法建设。
2. 若未办理任何审批手续直接加盖三层：无论当地是否允许三层建筑，均属于未批先建的违章行为，可能面临整改或处罚。
3. 若当地政策明确限制宅基地建筑层数为两层及以下：即使申请审批，三层建筑也无法获得许可，擅自加盖属于违章。
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宅基地加盖三层过程中，不少人因缺乏法律意识出现错误操作，以下列举常见情形及危害：
1. 凭“经验”擅自加盖：部分村民认为宅基地是自家的，凭以往“盖两层不用批”的经验直接加盖三层，忽略了当地可能更新的层数限制政策，导致建成后被认定为违章建筑，面临拆除风险。
2. 伪造或隐瞒审批材料：为快速获批，伪造宅基地面积证明或隐瞒原有建筑层数，即使暂时通过审批，后续被核查发现时，审批文件会被撤销，建筑仍需整改，还可能承担行政责任。
3. 未批先建后补手续：先施工加盖三层，再试图补审批手续，若当地不允许三层建筑，补批会直接被驳回，此时建筑已建成，拆除损失远大于提前审批的成本。
若您已出现类似错误操作，建议尽快联系律师评估风险，制定补救方案。

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宅基地加盖三层的处理结果，可能因特殊情况或例外情形发生变化，以下说明常见情形及影响：
1. 历史遗留建筑的例外：若宅基地上的三层建筑是在当地村庄规划实施前（如2019年《土地管理法》修订前）建成，且一直作为合法住宅使用，部分地区会按“历史遗留建筑”处理，不认定为违章，但需补办确权登记手续，影响是需额外花费时间和成本完善证件，而非直接拆除。
2. 扶贫或搬迁政策的特殊许可：若村民属于易地扶贫搬迁户，宅基地是政府统一规划的搬迁安置点，且政策明确允许建设三层住宅（如部分地区为满足大家庭居住需求的特殊规定），此时即使当地普通宅基地限制两层，搬迁户加盖三层也符合政策，影响是无需额外审批，直接按政策施工即可。
3. 宅基地面积超标的特殊处理：若宅基地面积远大于当地规定标准（如当地一户一宅标准为120㎡，某村民因继承取得200㎡宅基地），部分地区允许在超面积部分加盖三层（前提是符合规划），影响是需单独对超面积部分的层数申请审批，流程比普通宅基地更复杂。

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针对宅基地加盖三层是否违章的直接回复，可依据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条进行详细分析：
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第三款规定，农村村民建住宅应符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划；第四款规定，农村村民住宅用地由乡（镇）人民政府审核批准，涉及农用地的需办理农用地转用审批。结合问题，宅基地加盖三层属于“建住宅”范畴，需同时满足两个条件：一是符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划中关于建筑层数的要求；二是取得乡（镇）人民政府的审核批准。若未满足上述任一条件，如未审批直接加盖、或审批层数低于三层，均违反该条款规定，构成违章建筑。

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