以下特殊情况可能影响合同请假扣薪的处理结果：
1. 公司未依法公示规章制度：若公司的请假扣薪制度未通过合法程序制定或未向职工公示，该制度可能不具备法律效力，扣薪行为无效；
2. 扣薪后工资低于最低工资标准：若扣除两天工资后，职工当月工资低于当地最低工资标准，公司需补足差额；
3. 职工因工伤或病假请假：若职工请假类型为工伤或病假，公司不得按事假标准扣薪，需按国家规定支付相应工资。
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针对合同请假扣两天工资的合法性，可依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定进行分析。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”
若公司未依法制定或公示请假扣薪制度，或扣薪标准违反合同约定，则扣两天工资的行为可能不合法。例如，若公司制度未明确事假扣薪比例却直接扣除两天工资，职工可主张该扣薪行为无效。
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关于合同请假扣两天工资的计算问题，需结合劳动合同和公司规定确定。
以下分不同情况详细说明：
1. 若劳动合同中明确约定了请假扣薪标准（如事假每日扣薪为日工资的100%），则按合同约定计算两天的扣除金额；
2. 若公司依法制定并公示了规章制度，且制度中明确了请假扣薪规则（如事假扣薪不超过日工资的30%），则按制度执行；
3. 若劳动合同和公司制度均未明确，则需参考国家相关法律规定（如扣除后工资不得低于当地最低工资标准），并与公司协商确定。
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合同请假扣两天工资可能存在以下法律风险：
1. 证据链断裂风险：例如，职工仅口头请假未提交书面申请，公司以“未按规定请假”为由扣薪，职工因缺乏请假记录无法举证；
2. 扣薪标准违法风险：如公司规定事假每日扣薪为日工资的200%，超过法定合理范围，可能导致职工申请仲裁后公司需返还超额扣除的工资。

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